تُستخدم خطوط التعبئة المعقمة عندما يكون من الضروري الحفاظ على المشروب والزجاجة خاليين من الكائنات الحية الدقيقة حتى إغلاق الزجاجة بالغطاء. وتُستخدم هذه الخطوط على نطاق واسع لتعبئة مشروبات الألبان والعصائر والشاي والمشروبات الوظيفية وغيرها من المنتجات سريعة التلف. ويُعقَّم كلٌّ من المشروب والزجاجات قبل بدء عملية التعبئة. وبعد ذلك، تنتقل الزجاجات إلى منطقة التعبئة المعقمة، حيث يعمل حاجز بخاري وهواء معقم مُرشَّح بواسطة مرشحات عالية الكفاءة (HEPA) على الحفاظ على الظروف المعقمة حول صمامات التعبئة. وعندما تصل الزجاجة إلى محطة التعبئة، يُحكم الصمام الإغلاق حول فوهتها ويبدأ في ضخ المشروب داخلها. وبمجرد وصول المشروب إلى مستوى التعبئة المطلوب، يوقف الصمام التدفق ويُغلق قبل تركيب الغطاء. وتساعد هذه العملية على منع التسربات البسيطة للمنتج وتقليل احتمالية دخول الهواء والكائنات الحية الدقيقة إلى الزجاجة، مما يساهم في منع نمو العفن أثناء التخزين.